> Myślałem, że ISP jest podstawowym i zawsze działającym programowaniem
> bez względu na konfigurację.

no niestety nie.
Ale że Atmel nie zrobił jakoś prościej możliwości zerowania MCU , to imo
nieporozumienie.

Oprócz ISP jest jeszcze (w mniejszych modelach) "szeregowe programowanie
wysokonapięciowe", z jakąś rozsądną ilością pinów, ale duże atmegi imo
mają tylko "pełne" programowanie równoległe jak ratunek, a to w
przypadku procesorów TQFP jest jakieś nieporozumienie.

Jeśli się mylę, to niech ktoś wyprostuje...