Ok, cofam ostatnie. Problem z nieustawioną flagą w funkcji
wysyłajacej/odbierającej dane przez SPI brał się z banalnej przyczyny -
port SPI nie był skonfigurowany. Zapomniałem, że ten fragment kodu jest
wywoływany przez FatFS w momencie montowania karty.

Jednak ręczne uruchomienie SPIE tylko częściowo usunęło problem. Powiem
nawet, że zrobiło się dziwniej. :) Teraz pierwsze wywołanie funkcji
przechodzi, ale gdy 5 sekund później funkcja zostanie wywołana ponownie,
układ znów się zawiesza. I tak w kółko. ;)