On 2018-09-21, J.F. <j...@p...onet.pl> wrote:
> Użytkownik "Jarosław Sokołowski" napisał w wiadomości grup
> dyskusyjnych:s...@f...lasek.waw.p
l...
> Pan J.F. napisał:
>>>>> Pamietam, ze np chemicy intensywnie symulowali jakies czasteczki,
>>>>> i to chyba numeryczne rozwiazywania rownan Schroedingera bylo.
>>>>> I nawet mowili - dzis liczymy najprostsze ... a przeciez jest DNA
>>>>> i enzymy ...
>>>> Znaczy się potrzebują więcej mocy obliczeniowej, pamięci i flopów.
>>>> Metody obliczeniowe i biblioteki pozostają te same.
>>
>>> Cos, co sie nadaje do 3 atomow, niekoniecznie sie nadaje do 1000
>>> atomow.
>>> Albo np mozna znacznie przyspieszyc obliczenia ograniczajac sie do
>>> obliczenia wplywu tylko najblizszych atomow, a nie wszystkich ..
>
>>Jakieś inne szredingery, czy takie, co są superpozycją nadających
>>i nienadających się?
>
> Jakos tak, tylko cos mi chodzi po glowie, ze przy wiekszej ilosci
> atomow to te bliskie wplywaja na orbitale, a te dalsze wplywaja malo
> ... pomijalnie malo.

Robiłem to ze 20 lat temu i takie rzeczy albo się robiło właśnie ze
Schrodingera albo półempirycznie. Nie przypominam sobie jakiś ograniczeń
co do ilości atomów. Głównym problemem przy Schrodingerze był czas.
Liczyłem dość proste pierścienie fosfazenowe i na dość dobrych maszynach
jak na tamte czase (ale też znowu nie jakiś super wypas) - SGI O2,
zajmowało to tygodnie.

Półempirycznie (molecular mechanics) to był relatywnie błysk, nawet jak
na tamte czasy.

Jak to teraz wygląda to nie wiem, ale raczej skłaniam się ku opinii
Jarka, bo problem był w mocy obliczeniowej.

--
Marcin

do góry

On 2018-09-22, Paweł Pawłowicz <pawel.pawlowicz13@gmailDOTcom> wrote:
> kąty i długości wiązań i są łatwo montowalne. Jeśli ktoś ma praktykę, to
> model kilkunastowęglowej cząsteczki zbuduje w dwie minuty. Policzenie
> tego na dobrym pececie zajmuje dobę. I trzeba programowi podpowiadać, bo
> pozostawiony sam sobie potrafi policzyć durnotę.

No cała radość po kilku dniach zobaczyć, że to wszystko się "rozchodzi"
zamiast "schodzić".

--
Marcin

do góry

On 2018-09-22, Jarosław Sokołowski <j...@l...waw.pl> wrote:
> Pan Paweł Pawłowicz napisał:
>
>>> Przy kilku atomach uwzgledniasz wszystkie, czy tam kazdy z kazdym,
>>> bo wszystkie sa blisko. Przy tysiacu uzwgledniasz kilka najbliszych,
>>> bo reszta jest daleko i ma znikomy wplyw.
>>
>> Pozwólcie, że się wtrącę :-)
>
> Ależ oczywiście! Proszę, śmiało.
>
>> Chemicy, którzy nie zajmują się modelowaniem molekularnym, zwykle
>> wykorzystują program Gaussian. Nie wiem jednak, czy z czystym
>> sumieniem mogę odesłać do opisów tego programu, z całym szacunkiem,
>> dla kogoś, kto nie siedzi w chemii, może to być jak próba wyjaśnienia
>> transformacji operatorowej poloniście.
>
> Odruchowo, nie bacząc na ostrzeżenia, zacząłem guglem poszukiwać
> miejsca, skąd mógłbym sobie ściągnąć źródła tego gaussiana -- celem
> oszacowania jaka część kodu jest w fortranie, a jaka w niefortranie.
> Bowiem to było głównym celem prowadzonych tu rozważań. Niestety, nic
> z tego nie wyszło. (To co było poniżej, z uwagą i w miarę możności
> ze zrozumieniem, przeczytałem)

Gaussian jest kompercyjny. Nie sądze aby źródła były dostępne.
Ale tu:
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_quantum_chemis
try_and_solid-state_physics_software

..stoi, że jest istotnie napisany w Fortranie. Zresztą gdy powstawał
(1970) to zdaje się za dużo w miarę rozwiniętych języków wysokiego
poziomu nie było.

--
Marcin

do góry

On 2018-09-21, Jarosław Sokołowski <j...@l...waw.pl> wrote:
> Pan Marcin Debowski napisał:
>
>> Kupiłem żonie do firmy parę lat temu laserówkę Canona, właśnie dlatego,
>> że miała mieć sterowniki pod Linuksa (tak stało na ich stronie).
>> Okazało się, że nie miała. Canon stanął na wysokości zadania i dał nam,
>> do czasu gdy sterowniki będą dostępne, zastępczo lepszy model włączając
>> w to toner. Pół roku im to zajęło.
>
> Czyli trwało tyle, ile powinno. Kiedyś na p.c.o.a wymyślono nawet termin
> "linuksowe pół roku".

Ale po co się w sumie afiszowali, że jest jak nie było? Fakt, że pewnie
Linuks nadal dość niszowy... Z drugiej strony jeśli innych frustratów
załatwili z podobną klaśa jak mnie, to może nawet i lepszy PR im z tego
wyszedł, niż jakby mieli anonsować sterowniki pod Linuksa w późniejszym
terminie.

Ale pewnie to był jakiś wypadek przy pracy.

--
Marcin

do góry

W dniu 23.09.2018 o 04:58, Marcin Debowski pisze:
> On 2018-09-21, J.F. <j...@p...onet.pl> wrote:
>> Użytkownik "Jarosław Sokołowski" napisał w wiadomości grup
>> dyskusyjnych:s...@f...lasek.waw.p
l...
>> Pan J.F. napisał:
>>>>>> Pamietam, ze np chemicy intensywnie symulowali jakies czasteczki,
>>>>>> i to chyba numeryczne rozwiazywania rownan Schroedingera bylo.
>>>>>> I nawet mowili - dzis liczymy najprostsze ... a przeciez jest DNA
>>>>>> i enzymy ...
>>>>> Znaczy się potrzebują więcej mocy obliczeniowej, pamięci i flopów.
>>>>> Metody obliczeniowe i biblioteki pozostają te same.
>>>
>>>> Cos, co sie nadaje do 3 atomow, niekoniecznie sie nadaje do 1000
>>>> atomow.
>>>> Albo np mozna znacznie przyspieszyc obliczenia ograniczajac sie do
>>>> obliczenia wplywu tylko najblizszych atomow, a nie wszystkich ..
>>
>>> Jakieś inne szredingery, czy takie, co są superpozycją nadających
>>> i nienadających się?
>>
>> Jakos tak, tylko cos mi chodzi po glowie, ze przy wiekszej ilosci
>> atomow to te bliskie wplywaja na orbitale, a te dalsze wplywaja malo
>> ... pomijalnie malo.
>
> Robiłem to ze 20 lat temu i takie rzeczy albo się robiło właśnie ze
> Schrodingera albo półempirycznie. Nie przypominam sobie jakiś ograniczeń
> co do ilości atomów. Głównym problemem przy Schrodingerze był czas.

Pierwszy raz zetknąłem się z problemem na studiach, ponad czterdzieści
lat temu. Ab initio dawało się policzyć jon H2+, i to by było na tyle...

P.P.

do góry

Pan Marcin Debowski napisał:

>>> Kupiłem żonie do firmy parę lat temu laserówkę Canona, właśnie dlatego,
>>> że miała mieć sterowniki pod Linuksa (tak stało na ich stronie).
>>> Okazało się, że nie miała. Canon stanął na wysokości zadania i dał nam,
>>> do czasu gdy sterowniki będą dostępne, zastępczo lepszy model włączając
>>> w to toner. Pół roku im to zajęło.
>>
>> Czyli trwało tyle, ile powinno. Kiedyś na p.c.o.a wymyślono nawet termin
>> "linuksowe pół roku".
>
> Ale po co się w sumie afiszowali, że jest jak nie było? Fakt, że pewnie
> Linuks nadal dość niszowy... Z drugiej strony jeśli innych frustratów
> załatwili z podobną klaśa jak mnie, to może nawet i lepszy PR im z tego
> wyszedł, niż jakby mieli anonsować sterowniki pod Linuksa w późniejszym
> terminie.

Kontekst przepychanek z p.c.o.a był taki, że w linuksie wszystko już jest
prawie, prawie, a za pół roku będzie całkiem. Rzeczywistość jest taka, że
jeśli czegoś nie potrzeba, to tego nie ma i nie będzie.

> Ale pewnie to był jakiś wypadek przy pracy.

Albo wyjątkowy przypadek, że ktoś coś obiecał, zaplanował i w końcu zrobił.

Dość często spotykam się z takim przypadkiem, że producent ogłasza wszem
i wobec, że jego sprzęt ma wsparcie dla Linuksa. Jako dowód dołącza płytę
CD ze "sterownikami". Te sterowniki to wyrwany z kontekstu fragment kodów
kernela mający z dziesięć lat. Od tego czasu w nowych wydaniach jądra
nastąpił znaczący postęp, obsługa tego sprzętu zmieniła się, polepszyła.
Ale producent sprzętu może o tym wcale nie wiedzieć, nie obchodzi go to,
nie on to wszystko pisze.

--
Jarek

do góry

Pan Marcin Debowski napisał:

>> Odruchowo, nie bacząc na ostrzeżenia, zacząłem guglem poszukiwać
>> miejsca, skąd mógłbym sobie ściągnąć źródła tego gaussiana -- celem
>> oszacowania jaka część kodu jest w fortranie, a jaka w niefortranie.
>> Bowiem to było głównym celem prowadzonych tu rozważań. Niestety, nic
>> z tego nie wyszło. (To co było poniżej, z uwagą i w miarę możności
>> ze zrozumieniem, przeczytałem)
>
> Gaussian jest kompercyjny. Nie sądze aby źródła były dostępne.
> Ale tu:
> https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_quantum_chemis
try_and_solid-state_physics_software
>
> ..stoi, że jest istotnie napisany w Fortranie. Zresztą gdy powstawał
> (1970) to zdaje się za dużo w miarę rozwiniętych języków wysokiego
> poziomu nie było.

Fortran też jest całkiem nieźle rozwinięty jak na swoje 60 lat i tego
typu zastosowania. Chociaż dzisiaj zaliczenie go do "języków wysokiego
poziomu" brzmi nieco dziwnie. Bliżej mu do assemblera niż do javy.

Współczesne języki programowania obrały inną drogę. Wszystko można
w nich zrobić łatwo i przyjemne. Chyba żeby ktoś chciał coś policzyć,
wtedy gorzej. Rację mają Francuzi. Dzisiaj komputer to nie "computer"
(liczydło), ale "ordinateur" (zarządca, organizator, porządkowy).

--
Jarek

do góry

Dnia Sun, 23 Sep 2018 13:46:06 +0200, Jarosław Sokołowski napisał(a):
> Pan Marcin Debowski napisał:
>> Gaussian jest kompercyjny. Nie sądze aby źródła były dostępne.
>> Ale tu:
>> https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_quantum_chemis
try_and_solid-state_physics_software
>>
>> ..stoi, że jest istotnie napisany w Fortranie. Zresztą gdy powstawał
>> (1970) to zdaje się za dużo w miarę rozwiniętych języków wysokiego
>> poziomu nie było.
>
> Fortran też jest całkiem nieźle rozwinięty jak na swoje 60 lat i tego
> typu zastosowania. Chociaż dzisiaj zaliczenie go do "języków wysokiego
> poziomu" brzmi nieco dziwnie. Bliżej mu do assemblera niż do javy.

> Współczesne języki programowania obrały inną drogę. Wszystko można
> w nich zrobić łatwo i przyjemne. Chyba żeby ktoś chciał coś policzyć,
> wtedy gorzej. Rację mają Francuzi. Dzisiaj komputer to nie "computer"
> (liczydło), ale "ordinateur" (zarządca, organizator, porządkowy).

Ale Fortran tez nie stoi w miejscu
http://fortranwiki.org/fortran/show/Object-oriented+
programming

Co nawiasem mowiac swiadczy o tym, ze ktos jeszcze w tym grzebie ..

J.

do góry

Pan J.F. napisał:

>> Fortran też jest całkiem nieźle rozwinięty jak na swoje 60 lat i tego
>> typu zastosowania. Chociaż dzisiaj zaliczenie go do "języków wysokiego
>> poziomu" brzmi nieco dziwnie. Bliżej mu do assemblera niż do javy.
>
>> Współczesne języki programowania obrały inną drogę. Wszystko można
>> w nich zrobić łatwo i przyjemne. Chyba żeby ktoś chciał coś policzyć,
>> wtedy gorzej. Rację mają Francuzi. Dzisiaj komputer to nie "computer"
>> (liczydło), ale "ordinateur" (zarządca, organizator, porządkowy).
>
> Ale Fortran tez nie stoi w miejscu
> http://fortranwiki.org/fortran/show/Object-oriented+
programming
>
> Co nawiasem mowiac swiadczy o tym, ze ktos jeszcze w tym grzebie ..

Są też tacy, którzy wciąż jeszcze grzebią w commodorach i basicach.
Można stworzyć całkiem nowy język i z sentymentu nazwać go "basic"
albo "fortran" z odpowiednim przedrostkiem. Tak samo są też ludzie,
u których już siódmy pies z kolei wabi się Azor.

--
Jarek

do góry

Dnia 22 Sep 2018 06:49:14 GMT, Mateusz Viste napisał(a):
> On Sat, 22 Sep 2018 03:33:40 +0200, HF5BS wrote:
>> To twórcy oprogramowania na C64 tego nie wiedzieli i zrobili kompilator,
>> który zwłaszcza przy większych programach, daje program objętościowo
>> mniejszy, niż z zapisu interpretera. Parę programów sobie na C64
>> skompilowałem i nawet są szybsze i mniej dysku zajmują.
>
> A czy to nie była po prostu tokenizacja? Nie wiem, C64 nie miałem, ale
> BASICA (i chyba GW-BASIC też) potrafiły zapisać program w postaci
> binarnej. Ale nie jako kod wykonywalny, tylko ciąg tokenów. Zamiast "IF"
> było dajmy na to 0x01, zamiast "WHILE" 0x05 itp.

O ile wiem, to w C64 tak wlasnie bylo.
W spectrum bylo od samego poczatku - nie wpisuwales I i F, tylko
odpowiednia kombinacja klawiszy na token IF

>Ale to dalej program interpretowany.

Hm ... piszesz takie LET A=A+1, to i tak trzeba wywolac prodedure
"biblioteczna" dodawania liczb FP, bo innych nie znal.
I czy w programie bedzie bezposredni call czy przejscie przez tablice
adresow funkcji dla tokenow, to juz nie taka duza roznica.

Tyle ze Spectrum juz w trakcie wykonania wyszukiwal adresy zmiennych,
analizowal wyrazenia, wiec sporo tej interpretacji zostalo.

J.

do góry