Najlepszy ze znanych mi to Cam2PC. Pamięta numerację, sama tworzy
katalogi i ewentualnie podkatalogi, zmienia nazwy plików. Podobno jest
wersja freeware, ale nie wiem, co tracisz w stosunku do płatnej. Ja mam
płatną i ustawiłem sobie - tworzenie katalogów "dziennych", czyli np.
2009_06_13 i nazywanie plików w katalogu wg. danych exif, czyli
rrrr_mm_dd HHMMSS. Nawet jak wrzucam zdjęcia z 2 aparatów do jednego
folderu, rzadko występuje konflikt nazwy.

A poza tym, jak inni wspomnieli - Total Commander. Dodałbym jeszcze
Power Pack do Total Commandera, który sprawia, że pliki (tylko jpg)
można nazywać wg. danych z exif zdjęć.

Pozdrawiam,
Paweł W.

--
"A niektóre dzieci, jak się obrażą, to pokazują innym język. Ja też
pokazuję, ale ja wtedy mam rację". - Kasia, 4 lata,Newsweek Polska.