> Jeśli jest HDD z "dużymi" sektorami i pokroję go na partycje wg cylindrów
> (zaczynając nową partycję na nowym cylindrze), to nie będzie słynnego
> problemu z zachodzeniem sektorów logicznych na fizyczne?

Problem moze nie wystapic, ale bardziej prawdopodobne jest to, ze wystapi.

Jesli bedziesz zaczynal partycje "wg cylindra"
i pierwszy sektor spelni warunek "4k alignment",
to wszystko bedzie ok.