> ? Przeciez jak tranzystor jest zwarty to dioda pracuje na zaporowo.
> Dioda jest podpięta równolegle do cewki.

Czyli co, jak jedną stronę uzwojenia zwierasz tranzystorem do masy, to
druga - luzowana, walczy z diodą?

Tak masz?

GND-MOS1----CEWKA-VCC-CEWKA----MOS2-GND

i równolegle z cewkami masz diody? Katodami do VCC?

Jeśli tak masz, to przeczytaj jeszcze raz co pisałem o sprzężeniu cewek
w silniku.
Musisz pozwolić na przepięcie po stronie otwartego klucza przynajmniej w
zakresie VCC x 2, inaczej pompujesz tranzystorem energię w diodę po
przez uzwojenia silnika.

W silniku unipolarnym nie można traktować uzwojeń jako osobne części nie
sprzężone ze sobą. Pomyśl o tym jak o jednej cewce na żelaznym rdzeniu z
odczepem w środku.
Oczywiście masz dwie takie cewki z odczepem (silnik 2 fazowy) - pomiędzy
nimi już takiego sprzężenia nie ma.

Miłego.
Irek.N.