Ok, problemów ciąg dalszy.
Zdobyłem programator PDI (klon AVRISP MKII), podłączyłem go do płytki
(wydaje mi się, że prawidłowo) i ustawiłem w tryb przeznaczony do
współpracy z AVRDUDE. Tym razem Linux wykrywa programator (jest widoczny
pod lsusb). Jednakże gdy tylko spróbowałem odczytać ID układu za pomocą
wspomnianego wcześniej programu, zaczął on sypać błedami w stylu:

avrdude: stk500v2_recv_mk2: error in USB receive avrdude:
stk500v2_getsync(): timeout

W parametrze polecenia umieściłem "-c avrisp2 -P usb".

Ciągle nie wiem, czy atxmega w ogóle jest sprawna, bo tym razem wydaje
się, że problem leży gdzieś w sofcie odpowiedzialnym za komunikację
komputera z programatorem.

Ktoś ma jakiś pomysł jak mógłbym to rozwiązać?

Dla jasności - próbowałem też podłączyć programator do Raspberry Pi i
uruchomi>=ć programator z jego poziomu. Miałem taki sam objaw.