> Po sklonowaniu dysków i nieopatrznym uruchomieniu systemu z dwoma
> identycznymi dyskami na pokładzie system (np. w celu kopiowania plików)
> windows głupieje i merdają mu się litery dysków w ścieżkach systemowych.
> Efekt jest taki że już później system nie wstanie. Nie

W Windows 8 nadal nie poprawili tego "buga"?
No to juz nigdy nie poprawia...

> Dlatego _porządne programy_ po klonowaniu przywracają poprzedni podpis

Nieprawda.
Jesli klonujesz partycje, to zaden program domyslnie nie przywroci "disk
signature".
Jesli klonujesz dysk, to kazdy program domyslnie skopiuje "disk signature".

> dysku żeby takiej sytuacji uniknąć. Norton Ghost np. ma domyślnie
> zaznaczoną taką opcję.

Nieprawda - wyjasnienie wyzej.

> Snapshot pewnie o to zadbał. Nie znam programu :-)

Nieprawda + podobnie jak wyzej.

PS
Przy przenoszeniu partycji powinienes:
- albo wyzerowac sygnature dysku
(np. ghost z parametrem -FDSZ (Force Disk Signature to Zero))
- albo przed "ghostowaniem" usunac odpowiednie wpisy w
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices]
(jak nie wiesz co, to usun wszystkie / cala galaz)