Nie wszyscy zrozumieli, w czym problem.

"po co chcesz coś wysyłać i "podszywać się" pod własny serwer www"

Rozważ adres: mojastrona.pl/plik/45-microsoft-office

Po pewnym czasie plik o ID=45 znika! Skąd serwer ma wiedzieć, że ma
wyświetlić stronę 404, jeżeli żądanie ZAWSZE jest przekazywane do CMS-
a? Na pewno to jest możliwe, ale daj jakiś przykład.
Modyfikacja .htaccess odpada.

"Wyindeksuje jedną stronę, z pozostałymi stronami nic nie zrobi."

Jedna strona (błąd 404) oczywiście NIE może znaleźć się w indeksie,
ale inne podstrony (do których bot wejdzie np. z menu albo linków
widniejących pod komunikatem o nieistniejącej stronie) już mogą
istnieć :)

Co w tej sytuacji zrobi bot po zobaczeniu nagłówka 404? Wejdzie w inne
linki? A w przypadku noindex,follow?

Zgodnie z zasadami semantyki i idei HTML 5 / Web 3.0 pewnie i tak
należy wysłać 404, bo to jest nieistniejąca strona, ale bardziej
obchodzi mnie, jak zachowa się Googlebot, MSNBot, itd... w praktyce.