P.S.
Stosuję teraz obejście problemu w postaci umieszczenia skryptu w elemencie
DIV o ID "code";

//tu wstawiam kod HTML i JS do mojego dokumnetu
document.getElementById("mojElementID").innerHTML=ht
ml;

//szukam w nowo wstawionym kodzie DIVa ze skryptem
obj=document.getElementById("code");
//teraz szukam kodu skryptu
obj=obj.getElementsByTagName("script");
eval(obj[0].innerHTML);
//... i teraz staje się ten kod dostępny dopiero