Pewnie na okrętkę ale poradziłem sobie tak:
$('#add_koszt_transportu_next').click(function(){

var myEl = $('#koszt_dostawy_table
tr').clone().appendTo('#koszt_dostawy_table2');
myEl.find('input[type=text]').val('');

if($('#koszt_dostawy_table .row_koszt_transportu').is(':visible')) {

}else {
$("#koszt_dostawy_table .row_koszt_transportu").show();
var myEl = $('#koszt_dostawy_table
tr').clone().appendTo('#koszt_dostawy_table2');
myEl.find('input[type=text]').val('');
$("#koszt_dostawy_table .row_koszt_transportu").hide();

}

Mam jednak wrażenie że to dość prostackie rozwiązanie więc jeśli jakaś dobra
dusza podpowie coś bardziej eleganckiego to będę wdzięczny.

pozdrawiam
Sławek