To zależy od rodzaju poprawki. html/css/js można na żywca :) Zmiany w
bazach danych
czasami też. To też zależy od zmian w bazie danych.

Najbezpieczniej jest chyba aktualizować serwis przez repozytorium svn.

Jeżeli masz dostęp do statystyk do wybierasz sobie godziny
najmniejszej odwiedzalności
i o tej porze wprowadzasz zmiany.

Jeżeli jednak czujesz za swoimi plecami oddech szefa/klienta no to
musisz
się najpierw przeżegnać a później wprowadzasz zmiany :)